各位同仁:
药明康德量子力学有机化学赛道擂台赛2022年第二期于12月6号顺利进行,现已完成阅卷及内部成绩公示。我们在公众号同步发布试题解析图文版,方便大家交流与学习。试题解析由四位参赛选手提供,欢迎大家在文末留言探讨。
基于2022年全年利用量子力学工具解决化学问题的数据,选取Top10的参赛选手进入IDSU量子力学有机化学赛道擂台赛。本次竞赛安排在12月6日(周二)上午9:30至11:30举行。通过邮件发送考题。
1)开卷考试,可参考QM SOP及电子书[1][2],但不可使用Reaxys文献检索。
2)要求参赛者在2小时内完成计算4个试题,并提交PPT + 分析解说(中英皆可)+ Spartan计算文件。
3)提交方式:将材料汇总并发送到指定评审者邮箱。
4)评分细则:每道题目25分,共100分。PPT +分析解说(20分),Spartan档案(5分)。赛道评审者打分后进行排名。
The above Chan-Lam reaction formed a single product, II or III? What arethe QM parameters to calculate for analysis? Please provide QM calculation results and interpret.
对于Chan-Lam反应,我们首先考察底物更容易去质子化的反应位点,再通过考察负离子中间体的HOMO预测产物生成情况。通过底物静电势图(Electrostatic Potential Map, ESP map)可知N1位酸性更强(ESP at N1: 250.6 kJ/mol >> N3: 236.1 kJ/mol) 更容易去质子化生成对应的负离子中间体。
随后,我们考察负离子中间体的HOMO,从计算结果可知HOMO lobe在N1位大于N3位,故化合物I的Chan-Lam反应优先发生在1位生成单一产物III。
The above Sonogashira reaction formed a single product, II, III or IV? What are the QM parameters to calculate for analysis? Please provide QM calculation results and interpret.
Sonogashira 反应同其他常规金属催化耦联反应,第一步氧化加成为限速步,可作为预测反应发生位点的重要标准。通过考察底物LUMO 及LUMO Map从计算结果可知,底物I只在4位C-Cl的碳有明显的LUMO lobe,同时LUMO及LUMO+1轨道能极差比较大,无需考虑LUMO+1 lobe分布情况。此外,IR作为另一个参考标准,伸缩振动值偏小的碳卤键更易发生反应,从计算结果可知C2-Cl为1242 cm-1,C4-Cl为825 cm-1,C6-Br为1048 cm-1,C4-Cl值最小。两种方法均预测该反应会生成单一产物III。
The above bromide-magnesium exchange reaction formed a single product, II or III? What are the QM parameters to calculate for analysis? Please provide QM calculation results and interpret.
对于多卤代底物,我们通常会来比较LUMO Lobe的分布,LUMO Map的浓度或者通过红外计算碳卤键的伸缩振动频率,进而来判断底物中不同卤素在SNAr或者偶联反应中的选择性。然而对于卤锂交换或者卤镁交换反应而言,考察一种特殊的“珍珠串”型的LUMO+n Lobe是更为合适和准确的判断方法。
从图3可知,底物I在LUMO+1轨道能级,顺着两个C-Br键都有着明显的“珍珠串”型Lobes分布。再结合Electron Density Map由图4可观察到下面的C7-Br Lobes更大,且更突出于Electron Density Map表面,更方便被金属的HOMO进攻,故该C-Br会优先反应,选择性的生成产物II。
The above ester reduction reaction formed a single product II exclusively. What are the QM parameters to calculate for analysis to account for the selectivity? Please provide QM calculation results and interpret.
首先还原酯基时,只得到单一的产物II。并没有观察到如上图内酯III的形成,我们可以判断化合物I和II更倾向于反式结构。
以此为基础,我们分别计算化合物I和II的LUMO map,并添加Inaccessibility Markers。从化合物I的计算结果来看,两个羰基碳都有明显的LUMO lobe,但只有一个羰基碳没有被Inaccessibility Markers覆盖,说明此羰基可以被还原得到化合物II。
从产物II的计算结果来看,羰基碳有明显的LUMO lobe,但都被Inaccessibility Markers覆盖,说明此羰基不能被还原。这就解释了产物II不能进一步被还原的原因。
本文由王秋月、赖光华、卫小文编撰。
参考文献:
[2] Spartan’20 Tutorial and User’s Guide. Irvine, CA, USA: Wavefunction, Inc. 2021