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Organic Letters: WuXi AppTec Developed Novel DNA-Compatible One-Pot Click Reactions

Organic Letters:药明康德HitS事业部DEL平台开发出适用于DEL的一锅法CuAAC Click反应

 

2020/05/20

 

近日,彭宣嘉博士领导的药明康德HitS事业部DEL团队在Organic Letters杂志上报道了铜介导的一锅法CuAAC Click反应,使用硼酸类衍生物与炔烃作为底物,在DNA编码化合物库(DNA Encoded Library,以下简称DEL)中实现了1,2,3-三氮唑化合物的高效合成[1]。该策略反应条件温和、高效,使用商业化的硼酸类衍生物作为叠氮化合物前体,可实现百万级化合物的合成。

 

点击化学(click chemistry),由诺贝尔化学奖获得者美国化学家Sharpless于2001年首次提出。点击化学是目前最为有用和引人注目的合成理念之一,极大地促进了化学生物学、药物化学与材料化学等领域的发展。其中最主要也是最经典的一类点击化学反应是,铜催化叠氮化合物与端炔基化合物反应(CuAAC Click反应)生成1,2,3-三氮唑化合物[2]

 

1,2,3-三氮唑化合物,是一类重要的含氮五元杂环化合物。作为酰胺键的电子等排体,且在代谢转化、氧化还原及酸碱条件下具有相当强的稳定性,这使得1,2,3-三氮唑化合物广泛运用于新药的研发和设计。含有1,2,3-三氮唑骨架的化合物,在抗菌、抗病毒与抗肿瘤等方面,都表现出了广泛的生物活性(图1)[3]

图1:含1,2,3-三氮唑骨架的生物活性分子

近年来,化学家们也开发出了DNA兼容的CuAAC Click反应来合成1,2,3-三氮唑化合物,应用于DNA编码化合物库的构建。这些反应都直接使用端炔基化合物与叠氮化合物作为原料;但叠氮化合物来源有限,化学性质不稳定等因素,限制了CuAAC Click反应在DNA编码化合物库中的应用。因此,通过来源广泛的商业化原料转化成相应的叠氮化合物,进而发展DNA兼容的一锅法CuAAC Click反应,来实现1,2,3-三氮唑化合物的构建具有十分重要的意义(图2)。

图2:DNA兼容的CuAAC Click反应研究进展

首先,团队采用DNA连接的苯乙炔1a和嘧啶-5-硼酸频哪酯2a作为标准底物,TMS-N3作为叠氮来源,对反应使用的催化剂进行了考察(图3)。使用常见的无机铜催化剂,如CuSO4, Cu2O, Cu(CH3CN)4PF6, Cu(OAc)2, CuCl等,反应几乎不能得到目标产物3a;而当使用[Cu(II)-b-cyclodextrin]作为催化剂时,反应则可以定量的得到目标产物3a99%)。

图3:反应条件优化

得到最优条件后,团队对底物的普适性进行了考察。首先,使用DNA连接的苯乙炔1a作为底物,考察了带有不同官能团的芳基与乙烯基硼酸衍生物对反应的影响(图4)。该方法也很好地适用于芳基硼酸或者硼酸酯等衍生物,绝大多数取代基(例如,烷基、乙烯基、卤素、羟基、氨基、醚、硫醚、羰基、酯基、酰胺、砜、磺酰胺与硝基等)的电性与位置对反应的影响较小,都能以良好到优秀的收率得到目标产物。同时,该方法也能够很好地适用于各种类型的芳基与烷基端炔烃。

图4:硼酸衍生物的底物范围

此外,团队也进行了相关的实验,用来评估发展的一锅法CuAAC Click反应对DNA的损伤情况。DNA连接实验与二代测序实验结果表明,铜介导的一锅法CuAAC Click反应,具有DNA兼容性,不会对DNA造成明显损伤。基于该方法的可靠性,团队也将该反应应用到了高质量DNA编码化合物库的构建中。

 

综上,该工作发展了适用于DEL的一锅法CuAAC Click反应。使用商业化的硼酸类衍生物作为叠氮化合物前体,在温和的条件下实现了1,2,3-三氮唑化合物的高效合成,并成功地将其运用到DNA编码化合物库的构建中。

 

 

参考文献:

 

  1. Qu Yi; Wen Huanan; Ge Rui; Xu Yanfen; Gao Hong; Shi Xiaodong; Wang Jiangong.; Cui Weiren; Su Wenji; Yang Hongfang; Kuai Letian; Satz Alexander L.; Peng Org. Lett. 2020, DOI:10.1021/acs.orglett.0c01219.
  2. Kolb, H. C.; Finn, M. G.; Sharpless, K. B. Chem. Int. Ed. 2001, 40, 2004-2021.
  3. Bozorov, K.; Zhao, J.; Aisa, H. A. Med. Chem. 2019, 27, 3511-3531.